Địa danh Amsterdam xuất hiện trong văn tịch sớm nhất mà nay còn giữ được là trên tờ văn tự ghi ngày 27 tháng 10, 1275. Tấm giấy này do Công tước Floris V ban cấp đã cho phép dân cư từng góp công xây cầu nay được miễn đóng lộ phí khi phải qua cầu.[15] Tấm giấy đó ghi nhận homines manentes apud Amestelledamme (nghĩa là người dân sống gần Amestelledamme).[15] Đến năm 1327, địa danh đó đã biến thể thành Aemsterdam. So với các thành phố khác ở Hòa Lan như Nijmegen, Rotterdam, và Utrecht thì Amsterdam non trẻ hơn.[16] Tháng 10 năm 2008, Chris de Bont, một nhà nghiên cứu sử học đã đưa ra thuyết là khu vực Amsterdam chỉ được khai hoang sớm nhất là vào cuối thế kỷ 10 nhưng cũng chưa có gì khẳng định là khu vực này có dân định cư canh tác nông sản. Việc khai thác chính là đào lấy than bùn làm nhiên liệu.[17]

Amsterdam đã được cấp quyền thành phố vào năm 1300 hay 1306.[18] Từ thế kỷ 14 trở đi Amsterdam phát triển thành trung tâm thương mại qua Liên minh Hanse. Năm 1345, một phép lạ Thánh Thể trong Kalverstraat đã khiến thành phố thành một địa điểm quan trọng của dân hành hương cho đến khi nhận con nuôi của đức tin Kháng Cách. Stille Omgang-một đám rước im lặng trong trang phục dân sự-ngày nay là một dấu tích của lịch sử hành hương giàu.[19]Vào thế kỷ 16, người Hà Lan đã nổi dậy chống Philip II của Tây Ban Nha và những người kế nhiệm ông. Lý do chính của cuộc khởi nghĩa là do việc áp dụng các thuế mới, ngược đãi tôn giáo đối với tín đồ Tin lành bởi Tòa án dị giáo Tây Ban Nha. Cuộc nổi dậy đã leo thang thành chiến tranh 80 năm, cuộc chiến dẫn đến độc lập cho Hà Lan.[20]Bị thúc đẩy mạnh mẽ bởi cuộc thủ lĩnh cách mạng Hà Lan William Trầm lặng, Cộng hoà Hà Lan đã trở thành nổi tiếng về sự khoan dung tương đối về tôn giáo. Người Do Thái từ bán đảo Iberia, người Huguenot từ Pháp, các thương gia giàu và các nhà in từ Flanders, những người tỵ nạn về kinh tế, tôn giáo và người tị nạn từ các khu vực do Tây Ban Nha kiểm soát thuộc các quốc gia thấp đã tìm thấy sự an toàn tại Amsterdam. Các nhà in Flemish nhập cư và sự khoan dung trí thức đã biến thành phố Amsterdam thành một trung tâm tự do báo chí của châu Âu [21].

Thế kỷ 17 được coi là thời kỳ hoàng kim, trong thời gian này Amsterdam đã trở thành thành phố giàu có sung túc nhất trên thế giới.[22] Tàu khởi hành từ Amsterdam đến biển Baltic, Bắc Mỹ., Và châu Phi, cũng như ngày nay là Indonesia, Ấn Độ, Sri Lanka, và Brazil, tạo thành cơ sở của một mạng lưới kinh doanh trên toàn thế giới. Các thương nhân của Amsterdam đã là các cổ đông lớn nhất trong cả hai Công ty Đông Ấn Hà Lan và Công ty Tây Ấn Hà Lan. Các công ty này mua lại tài sản ở nước ngoài mà sau này trở thành thuộc địa Hà Lan. Amsterdam là điểm vận tải hàng hóa quan trọng nhất của châu Âu và là trung tâm tài chính hàng đầu của thế giới.[23] Năm 1602, văn phòng Amsterdam của Công ty Đông Ấn Hà Lan đã trở thành sở giao dịch chứng khoán đầu tiên trên thế giới do kinh doanh cổ phần riêng của mình.[24]

Amsterdam mất hơn 10% dân số của nó do bệnh dịch hạch giai đoạn các năm 1623-1625, và một lần nữa năm 1635-1636, 1655, và 1664. Tuy nhiên, dân số của Amsterdam tăng trong thế kỷ 17 (phần lớn thông qua nhập cư) từ 50.000 đến 200.000.[25]

Vị thế thương nghiệp dồi dào của Amsterdam suy yếu vào thế kỷ 18 và sang đầu thế kỷ 19 phần vì thiệt hại chiến cuộc qua những trận giao tranh với các nước Anh và Pháp trong Chiến tranh Anh-Hà Lan và cuộc xâm lăng của Napoleon. Đó là thời điểm sa sút nhất của Amsterdam khi Hà Lan bị sáp nhập vào Đế quốc Pháp thứ nhất. Năm 1815 đánh dấu thời kỳ mới cho Amsterdam phụ thuộc Vương quốc Hà Lan thống nhất.